ЕФР дава възможност за обезщетяване на производителите в следствие на мерки за защита на общественото здраве. Така например производител на миди, който не може да продължи да събира мекотелите поради заразяването им с токсичен планктон, може да получи обезщетения, съфинансирани от ЕФР.