ЕФР може да допринася за финансиране на унищожаването на някои заболявания в аквакултурите. В случай на болест по животните компетентните органи могат да вземат решение за изолиране на заразените зони или ферми и да премине към унищожаване на заболяването, което може да доведе до унищожаване на болните животни и пречистване на водите, в които се е развила болестта. Производителите на аквакултури, пострадали от подобни инциденти, могат да бъдат обезщетени с помощ от ЕФР.

НАРЕДБА № 9 ОТ 21 МАЙ 2010 Г. за условията и реда за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ  по мярка 2.4 „Мерки, насочени към опазване здравето на животните” по Приоритетна ос 2 „Аквакултура, риболов във вътрешни водоеми, преработка и маркетинг на продукти от риболов и аквакултура” на ОПРСР

Критерии за избор на проекти по ОПРСР