Функциите на УО, съгласно Протокол № 11 на от заседание на Министерски съвет от 06.03.2008 г., са възложени на Изпълнителна агенция по рибарство и аквакултури на Република България /ИАРА/ към Министъра на земеделието и храните. ИАРА е отговорна за осигуряването на ефективност и добро управление, както и за прилагането на Оперативната програма, съгласно европейското и национално законодателство.
Административният капацитет на ИАРА в качеството й на УО е осигурен с приемането на Постановление на Министерски съвет № 51 от 17.03.2008 за  приемане на Устройствен правилник на Изпълнителна агенция по рибарство и аквакултури. Съгласно разпоредбите на ПМС № 51 в рамките на административната структура на ИАРА се създава Дирекция „Европейски фонд за рибарство”, която ще изпълнява функциите на УО по прилагането на ОПРСР.

Функциите на УО съгласно Член 59 от Регламент на Съвета на ЕС № 1198/2006 са както следва:

• Изготвяне на Оперативната програма в съответствие с приоритетите, залегнали в Националния стратегически план за развитието на сектор “Рибарство” за периода 2007-2013;
• Прилагане на Оперативната програма съгласно европейските регламенти, принципите и политиките на Общността, препоръките на Комитета по наблюдение, при спазване на законите в рибарството, принципите на конкурентоспособност и обществени поръчки, опазване на околната среда и равенство между половете;
• Прилагане на мерките, заложени в Оперативната програма в съответствие със заложените принципи на Общата политика в областта на рибарството и съгласно другите политики на Общността;
• Изготвянето на процедури за прилагане на мерките;
• Изготвяне на критерии за оценка и избор на проекти, което включва в частност следните функции:
1. Проверка за допустимост на бенефициентите и разходите;
2. Изготвяне на предложение за избор на проектите;
3. Председателство на Комитета по наблюдение;
4. Подписване на акт между бенефициента и администрацията.
В допълнение, Управляващият орган изпълнява следните функции:
• Координиране администрирането на структурите, привлечени в изпълнението на Оперативната програма и укрепване административния капацитет за осигуряване изпълнението на Програмата;
• Развитие и насърчаване партньорството на централно, регионално и местно ниво, включително публично-частното партньорство;
• Контрол на резултатите и въздействието на прилаганите мерки от Оперативната програма;
• Анализиране и предложения за промяна в Оперативната програма, както и предложения за преразпределения на средства от Европейския фонд по рибарство;
• Отговорност за доброто финансово управление на Европейския фонд по рибарство в съответствие с целите на Оперативната програма;
• Осигуряването на публичност и разпространяването на информация към потенциалните бенефициенти за Европейския фонд по рибарство и ролята на Европейския съюз;
• Бюджетното разпределение по мерки и предаването към Европейската комисия на годишната бюджетна прогноза;
• Участие в годишните срещи на Европейската комисия свързани с Европейския фонд по рибарство;
• Мониторинг на проектите;
• Извършване на проверки на място.